Kardeş kromatid değişimlerini belirleme

Strand-seq başlangıçta kardeş kromatid değişimlerini ifşa etmek için bir araç olarak önerildi. Tek tek hücrelere lokalize olan bir eylem olan DNA, birden fazla hücrenin sıralanması, bu etkileri kesinlikle dağıtacak ve SCE olaylarının olmadığını düşündürecektir. Ek olarak, klasik tek hücre dizileme teknikleri, heterojen amplifikasyon önyargıları ve çift sarmallı birleştirme bilgisi nedeniyle bu olayları gösteremez ve bu nedenle Strand-seq gerektirir. Araştırmacılar, referans hizalama bilgilerini kullanarak, miras alınan bir şablon dizisinin yönlülüğü değişirse bir SCE'yi ifşa edebilir.

Yanlış yönlendirilmiş ülkeleri tanımlama

Yanlış yönlendirilmiş içerikler, referans genomlarda önemli oranlarda mevcuttur (örneğin, fare referans genomunda% 1). Strand-seq, geleneksel sıralama yöntemlerine göre, bu yanlış yönlendirmeleri ortaya çıkarabilir. Hat kalıtımının bir homozigot durumdan diğerine değiştiği yerlerde (örneğin WW'den CC'ye veya CC'den WW'ye) yanlış yönlendirilmiş contigs vardır. Ek olarak, bu durum değişikliği her Strand-seq kitaplığında görülebilir ve yanlış yönlendirilmiş bir bitişik varlığını güçlendirir.

Resim 263A | Hem Watson (W, yeşil) hem de Crick (C, mavi) iplikçikleri için okuma sayılarını gösteren BAIT çıktısı. Her bir okuma numaralandırma çubuğu, referans genomun belirli bir 200-kb bölmesine hizalanmış analizlerin sayısını gösterir. Buradan, ebeveyn şablon dizisi kalıtımı çıkarılır. Örneğin, yavru hücrede bir 200-kb kromozomal segmentin her iki kopyası, ana hücrede Watson şablon ipliklerinden sentezlenmişse, bu, o kromozomal bölgede tamamen W hizalamasını gösteren büyük bir yeşil çubukla temsil edilecektir. Ayrıca, şablon iplik kalıtımının homozigot ve heterozigot durumları arasındaki geçişler, kardeş kromatid değişimleri (SCE'ler) olarak yorumlanır. | Maia.smith / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons

Resim 263A | Hem Watson (W, yeşil) hem de Crick (C, mavi) iplikçikleri için okuma sayılarını gösteren BAIT çıktısı. Her bir okuma numaralandırma çubuğu, referans genomun belirli bir 200-kb bölmesine hizalanmış analizlerin sayısını gösterir. Buradan, ebeveyn şablon dizisi kalıtımı çıkarılır. Örneğin, yavru hücrede bir 200-kb kromozomal segmentin her iki kopyası, ana hücrede Watson şablon ipliklerinden sentezlenmişse, bu, o kromozomal bölgede tamamen W hizalamasını gösteren büyük bir yeşil çubukla temsil edilecektir. Ayrıca, şablon iplik kalıtımının homozigot ve heterozigot durumları arasındaki geçişler, kardeş kromatid değişimleri (SCE'ler) olarak yorumlanır. | Maia.smith / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons

Yazar : Yavor Mendel

Referanslar:

Moleküler Biyoloji Teknikleri II

Moleküler Biyoloji Araçları VI

Yorumlar